FUNDASUR es reconocida como Unidad de Administración (UA) de subsidios concedidos a investigadores de la Región, por la ANPCyT, a través de los fondos otorgados por el Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCyT) y se encuentra inscripta en el Registro de Organismos de Entidades Científicas y Tecnológicas con el N° 1020-0 (Res. SeCTIP Nº 015/03), lo cual le posibilita la importación de equipamiento destinado exclusivamente a uso científico bajo condiciones impositivas especiales.
Adicionalmente, FUNDASUR ha resultado seleccionada como Unidad Administradora de Subsidios Internacionales otorgados por instituciones tales como el IAI (Interamerican Institute for Global Change Research) y TRF (The Resource Foundation). Dichos subsidios suponen una complejidad mayor ya que implican la participación de instituciones de investigación de varios países y requieren de un seguimiento especial debido a las condiciones establecidas por los otorgantes.
En su rol de UVT, FUNDASUR administra subsidios, servicios tecnológicos y otros fondos de Investigadores del CONICET y de la Universidad Nacional del Sur, entre otros. Recientemente, la Fundación ha sido reconocida por la CIC para administrar subsidios de dicha institución, lo cual supone un nuevo desafío para la institución.
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